Значительную площадь (около 5 тыс. км²) на востоке области занимает бессточный бассейн озер Шалкарегакара, Жетыколь, Айке. Наиболее крупная река этого бассейна Буруктал имеет сток в оз. Шалкарегакара только в весеннее время, а летом состоит из цепочки глубоководных озеровидных плесов.

Оз. Шалкарегакара — крупнейший естественный водоем области площадью более 9,6 тыс. га и длиной береговой линии 96 км. Оно имеет почти правильную круглую форму и занимает блюдцеобразное понижение в рельефе. Ввиду отсутствия постоянного стока, уровень озера подвержен резким колебаниям: примерно раз в 10 лет озеро полностью высыхает, а каждые 3 года промерзает до дна. Около 70% площади озера зарастает тростником, камышом, рогозом. Чистоводные плесы хаотично разбросаны по аква­ториям водоема и соединены друг с другом узкими проходами. Вода в озере солоноватая, преобладающая глубина — 0,5-1,5 л».

Оз. Жетыколь имеет площадь более 5,0 тыс. га. Водоем вытянут с севера на юг на 13 км, с запада на восток до 6 км. Преобладающая глубина — 1,5 м. В озеро впадает с запада р. Казанча с постоянным водотоком и с севера балка Суходол.

Большая часть оз. Айке расположена в Казахстане, а его оренбургский плес площадью до 1,3 тыс. га заливается водой только в многоводные годы.

Из других степных озер Светлинской группы наиболее крупные: Кайранколь, Давленколь, Обалыколь, Косколь, Шагыркопа. Они имеют сходную морфологию, занимая плоскодонные мелководные блюдца, зарастающие тростником и рогозом.

В поймах Урала, Сакмары, Самары, Илека и их притоков сосредоточено большое количество озер-стариц, режим которых тесно связан с основными водотоками. Наиболее крупные пойменные озера имеют площадь до 100 га и достигают длины 7 км.

В центральной и восточной частях области встречаются озера карстового происхождения. Наиболее крупные из них: озера Косколь в Беляевском р-не (12 га и 15 га), оз.Октябрьское в Октябрьском р-не (30 га), озера Копа (47 га) в Гайском и оз.Копа (29 га) в Адамовском р-нах.