В тектоническом отношении эта орографическая структура соответствует зоне Центрально-Уральского поднятия. К ней относятся правобережье Сакмары выше г.Кувандыка (хр.Шайтантау), Сак­маро-Блявинское междуречье и собствен­но Губерлинские горы, представляющие собой контрастный приречный мелкосо­почник на правобережье Урала от Хабарнинского ущелья (г.Новотроицк) до ус­тья Киндерли и несколько ниже (с.Под­горное). В этом геоморфологическом районе развиты разнообразные осадочно-вулканогенные породы силура-девона, метаморфические породы рифея и венда, интрузивные породы ультраосновного состава.

Наиболее высокая часть Сакмаро-Губерлинского мелкосопочника, хр.Шай­тантау, достигает в пределах Башкирии 570 - 600 м, а в пределах области - 573 м. Хребет представляет собой междуречье Сакмары и Куруила, его узкая плоская поверхность сильно расчленена многочис­ленными, глубоко врезанными долина­ми мелких речек и ручьев. Глубина врезания речной сети здесь максимальная в области и достигает 150 - 200 м при ши­рине долин всего в несколько десятков метров. В отличие от правобережья Сак­мары, на ее левобережье, в бассейнах Катралы, Кураганки и Блявы, в резуль­тате речной эрозии остатки древней де­нудационной поверхности полностью уничтожены. К востоку от этого района находится абразионно-аккумулятивная равнина Сакмаро-Губерлинского между­речья (Саринское плато). Ее южные силь­норасчлененные склоны и образуют останцово-мелкосопочные Губерлинские горы.

Поверхность Губерлинских гор глубо­ко расчленена балками и представляет собой сложные системы сближенных ко­нических, резко очерченных сопок. Относительные высоты здесь также, как на Шайтантау, достигают 200 м. Степень расчлененности и относительные высо­ты сопок уменьшаются по мере удале­ния от рек и приближения к Саринскому плато, окаймляющему мелкосопочник. Среди нагромождения бесчисленных островерхих холмов сохранились неразмы­тые участки плато, имеющие вид вы­соких плоских островов с сильно изре­занными склонами (г.Сырт, 447 м; уро­чище Чертово Городьбище, 436 м). По­добный характер имеет рельеф и к югу от р.Урал в бассейнах Алимбета и Айтуарки и на междуречье Киялы-Бурти и Алимбета (хр.Актыкыл, 414 м). Релик­ты нерасчлененного плато имеют высшие отметки до 445 м.