Самородная сера в виде небольших включений и прожилков есть в зонах окисления Гайского и других колчеданных месторождений. Наблюдается выпадение самородной серы в осадок на дне сероводородных источников (Вонючий родник в Саракташском районе и др.). Скопления самородной серы, имеющие промышленное значение, приурочены к известнякам казанского яруса и находятся в соседней Самарской области. Собственных месторождений серы в Оренбуржье нет, но попутно сера в больших объемах извлекается из сульфидов колчеданных руд и из газа Оренбургского месторождения.