Основными функциями научной библиотеки Института являются библиотечно-информационное обслуживание научных сотрудников Института, пополнение фондов, библиографическая работа, участие в редакционно-издательской деятельности. Читальным залом библиотеки помимо сотрудников Института пользуются командированные в Институт, дипломники и аспиранты профильных Институту вузов, школьники, занимающиеся научной работой под руководством своих педагогов, краеведы.
Библиотечный фонд научно-вспомогательного подразделения Института организован вместе с учреждением, его основу составили книги из личной библиотеки А.А. Чибилёва (директора-организатора Института) и сотрудников, обменно-резервного фонда Оренбургской областной универсальной научной библиотеки им. Н.К. Крупской, Оренбургского отделения Русского географического общества, материалы конференций, участниками которых были сотрудники Института, а также подписные периодические издания.
К настоящему времени сложилась структура фонда, ориентированная на приоритетное комплектование естественнонаучной литературой, в особенности – по проблемам степеведения и краеведения. Фонд библиотеки на 01.12.2018 г. насчитывает 13033 экземпляра и распределяется следующим образом: книги и брошюры – 8082 экз.; периодика – 4392 экз.
В библиотеке ведется алфавитный каталог, электронный каталог, а также картотеки: авторефератов, диссертаций, трудов сотрудников Института, предметная и краеведческая. Книги классифицируются по УДК.