Гербарий является научным подразделением в составе Отдела ландшафтной экологии, в его задачи входит хранение и исследование коллекции засушенных растений и грибов. С 2006 года гербарная коллекция зарегистрирована в Международной системе INDEX HERBARIORUM (акроним – ORIS).
Гербарная коллекция Института была основана в 1997 г. В ее состав входят:
Общее количество гербарных образцов, составляющих коллекцию – более 17 000, из них 14 000 высших сосудистых растений, 3 000 лишайников, 142 мохообразных, 200 микроскопических водорослей. Микологический гербарий был передан в коллекцию Института О.А. Коршиковой и включает на сегодняшний день 31 образец.
Географическая специализация гербария – степная область России и сопредельных территорий. Большую научную ценность представляет гербарный материал, собранный на особо охраняемых природных территориях Оренбургской области и других регионов. В коллекции Института имеются образцы с участков заповедника «Оренбургский», территории национального парка «Бузулукский бор», памятников природы Оренбургской области, природного парка «Эльтонский», «Щербаковский», музея-заповедника «Аркаим», Ильменского, Астраханского, Богдино-Баскунчакского заповедника и др.
Важной составляющей коллекции являются прекрасно оформленные гербарные образцы, собранные и определенные М.А. Скавронским в 50-60-х годах прошлого века. Они поступили в коллекцию с гербарием, переданным Оренбургским государственным педагогическим университетом. География сборов М.А. Скавронского охватывает различные районы Оренбургской области.
Особую научную и историческую ценность имеют образцы растений, собранные в конце XIX – начале XX в. лесоведами Л. Гурским, П. Чудниковым, А. Каксом, Н. Высотским, Ф. Дингельштедтом, В.Н. Сукачевым, А.П. Тольским и переданные в гербарий Института Боровой лесной опытной станцией. Их общее количество 1 448 экземпляров.
В коллекции имеется обширный дублетный материал, благодаря чему она открыта для обмена с другими гербариями. За последние несколько лет ряд образцов гербарной коллекции Института был передан в фонд гербариев Ботанического института (БИН) им. В.Л. Комарова РАН (LE) (г. Санкт-Петербург), Полярно-альпийского ботанического сада-института (ПАБСИ) КНЦ РАН (KRABG) (г. Кировск), Института ботаники им. Холодного (KW) (г.Киев), а также заповедник «Оренбургский» (г. Оренбург), Воронежский государственный университет (г. Воронеж).
Пополнение коллекции осуществляется сотрудниками Института, причем усилиями не только специалистов-ботаников отдела ландшафтной экологии, но и сотрудников других подразделений. Благодаря этому за последние годы удалось существенно расширить не только географию, но и разнообразие местообитаний, охваченных флористическими сборами. Кроме того, поступление образцов в гербарий происходит в результате работы сотрудников со студентами вузов и школьниками города на полевых практиках по ботанике.
Определение образцов проводится сотрудниками отдела ландшафтной экологии Калмыковой О.Г. и Кин Н.О. Подтверждение и определение некоторых экземпляров осуществляется в лабораториях и гербариях БИН РАН (LE), ПАБСИ КНЦ РАН (KRABG), Института ботаники им. Холодного (KW).
Фонд гербария используется сотрудниками и аспирантами Института и других организаций при написании диссертационных работ, студентами вузов при написании дипломных работ, а также специалистами-ботаниками Оренбургской области и других регионов.